La S. Casa, nel suo nucleo originario, è costituita da sole tre pareti, perché la parte dove sorge l'altare dava, a Nazaret, sulla bocca della Grotta e, quindi, non esisteva come muro. Delle tre pareti originarie le sezioni inferiori, per quasi tre metri di altezza, sono costituite prevalentemente da filari di pietre, per lo più arenarie, rintracciabili a Nazaret, e le sezioni superiori aggiunte successivamente e, quindi spurie, sono in mattoni locali, gli unici materiali edilizi usati nella zona.