Paolo VI il 24 giugno 1965, con la costituzione Lauretanae Almae Domus, ha istituito la Delegazione Pontificia per il Santuario della Santa Casa con il compito di curarne il culto, il decoro artistico, l'accoglienza dei pellegrini e l'amministrazione dei beni temporali. Contemporaneamente istituiva la Prelatura della Santa Casa per la cura pastorale dei fedeli del comune di Loreto, distribuiti oggi in cinque parrocchie. Nel 1977 emanò lo Statuto della Delegazione Pontificia, rinnovato nel 2003 da Giovanni Paolo II. Le attività della Delegazione si distinguono in istituzionali e commerciali.

La Delegazione cura anzitutto la pastorale dei pellegrini, affidata all'ordine dei cappuccini, i quali, sotto la guida dell'Arcivescovo delegato, attendono alle confessioni, all'animazione liturgica, alla sagrestia e alla custodia della Santa Casa. Alcuni laici hanno l'incarico della manutenzione ordinaria del Santuario nelle sue varie espressioni, sotto la direzione del rettore della Basilica. La Delegazione inoltre attende alla manutenzione e al decoro artistico del complesso monumentale, ricchissimo di opere d'arte a livello architettonico, scultoreo e pittorico, con un annesso Museo Pinacoteca.

L'Amministrazione del Santuario, nel suo complesso, è affidata a un Consiglio amministrativo, composto dall' Arcivescovo delegato, che è anche presidente, da un vicario generale e amministratore dei beni, da un segretario generale, tutti membri della Delegazione, e da tre laici nominati dalla Segretaria di Stato. Vi opera anche un Collegio di revisori dei conti.